Che il patronato di San Canio fosse di origine recente (forse era stato introdotto proprio con la ricostruzione della chiesa) è dimostrato dal fatto che ancora alla fine del Cinquecento questo nome era rarissimo tra la popolazione calitrana; una “Margarita de Canio”, abitante al “Ripone”, è nominata nella visita pastorale di Alfonso Gesualdo(5), mentre il nome Canio compare per la prima volta nel registro dei battezzati nel 1572(6). Gli altri patroni di Calitri erano San Biagio e Santa Maria Maddalena; di ambedue si conservavano le reliquie nell’altare maggiore, riposte, insieme a quelle di altri santi, in sei teche di cristallo(7).

Tuttavia, sebbene più recente, il culto di San Canio si affermò con decisione nei secoli successivi, cancellando la memoria degli altri patroni; le visite pastorali cinquecentesche ricordano sull’altare maggiore un’immagine della Vergine piuttosto antica, mentre nella visita di monsignor Campana, nel 1658, l’altare aveva un’icona del santo patrono in cornice tra due colonne dorate.

Negli atti della visita dell’arcivescovo Alfonso Gesualdo, nel 1563, sono descritti tra gli arredi presenti in sacrestia alcuni oggetti decorati con l’immagine di San Canio, tra i quali una croce con l’immagine del santo vescovo da un lato e il crocifisso dall’altro. Inoltre già dal 1573 esisteva nella sacrestia un reliquiario d’argento a forma di braccio, con la base di rame indorato, che era stato realizzato con il metallo ricavato da un vecchio calice danneggiato(8); nel 1614 il braccio, nel quale era conservata la reliquia del patrono, fu trafugato insieme ad alcuni arredi, ma pochi giorni dopo il ladro fu arrestato e tutti gli oggetti furono recuperati(9).

L’amministrazione civica di Calitri, che aveva finanziato la ricostruzione della parrocchiale, ebbe il diritto di patronato sulla chiesa e la facoltà di scegliere il parroco tra il numeroso clero di Calitri; gli amministratori inoltre erano tenuti al mantenimento dei sacerdoti attraverso il versamento alla diocesi di alcune imposte, le “decime sacramentali”; questo contributo costituiva un notevole onere per le casse comunali, al punto che i calitrani ricorsero al Sacro Regio Consiglio, ottenendo una riduzione delle imposte da versare(10).

Nella visita di monsignor Campana sono ricordati anche il grande fonte battesimale in pietra lavorata, il pulpito, molto bello, vicino al cancello della balaustra dell’altare maggiore, i confessionali, le sepolture sul pavimento e il coro, collocato di fianco all’altare maggiore, sul lato destro(11). La chiesa non era in buone condizioni e in alcune sue parti, per esempio vicino alla cappella del Rosario, minacciava rovina per l’antichità delle pareti.