Francesco Margotta era di famiglia benestante; i suoi genitori appartenevano a quel ceto di galantuomini che nel corso dell’Età Moderna, pur senza essere nobili, avevano raggiunto un discreto status economico e sociale. Il padre, Donato Margotta, era in buoni rapporti con i principi Mirelli, feudatari di Calitri, ed era imparentato con alcune tra le principali famiglie del paese, come i Berrilli e i Rinaldi; un suo zio, don Francesco Margotta, era stato arciprete di Calitri dal 1688 al 1692; la madre di Francesco, Grazia d'Urso, di diversi anni più giovane del marito, proveniva da una ricca famiglia di Nusco.

Poco dopo la nascita del piccolo Francesco il padre morì a Montepeloso (oggi Irsina, in provincia di Matera) “mentre esercitava la carica di agente in detta città(4)”; così il bimbo fu affidato alle cure dello zio paterno, il sacerdote don Giuseppe Margotta.

Francesco crebbe nella casa di famiglia, in via Sant’Antuono, una costruzione di due piani sormontata da una loggia aperta sul panorama dalla quale il giovane, devoto a Sant’Antonio di Padova, “dalle prime vespere di questo santo faceva fare artifici e li faceva sparare(5)”; le testimonianze concordano nel descriverlo come un ragazzo mite e ubbidiente, che “nello studio era la consolazione de' suoi maestri(6)”.

Ecco la testimonianza del parroco Gervasi, riportata da Kuntz:

Il P. D. Francesco Margotta […] finì il corso della scuola nel 1712. Il maestro, che fu D. Giuseppe d’Alifi, se ne servì per due anni a farsi aiutare in detta scuola, mentre teneva molti scolari e non poteva arrivare, ed anche se ne servì a dire l’officio divino assai mattina; e poi in questi due anni non faceva altro che un altarino in sua camera del glorioso S. Antonio di Padova; tanto che invitava scolari e altri suoi compagni a cantare responsori e litanie […] Dopo questi due anni fu mandato dal suo zio in S. Menna a studiare filosofia sotto la disciplina del dottor D. Giacomo Figurelli, mentre non lo potevan mandare in Napoli per essere stato troppo piccolo. Indi ritirato da S. Menna per essere giunto alli sedici anni fu mandato in Napoli a studiare anche filosofia e legge. Dimorò in detta cittade sei anni continui; e perché era d’età di venti due anni, non poteva […] dottorarsi, ma s’ottenne con la licenza. Venuto nel 1722 in Calitri con applauso di tutta la terra, il suo zio e sua madre fecero per otto giorni canti, balli e suoni(7).